Вы имели ввиду этот абзац: "Если организация превышает ограничения, установленные пп. 1 и 2 п. 2.2 ст. 346.26 Кодекса, и применяет общий режим налогообложения, но имеет филиалы или структурные подразделения, которые признаются аптечными учреждениями в соответствии с Законом, то такая организация может быть переведена на уплату единого налога на вмененный доход в отношении предпринимательской деятельности в сфере розничной торговли лекарственными средствами, осуществляемой через данные аптечные учреждения, при условии соблюдения положений гл. 26.3 Кодекса." Я думаю, что "ноги растут" отсюда: "Как заметил в беседе с корреспондентом «ФВ» представитель крупной аптечной сети, в Москве много успешных розничных игроков, которые уже сегодня работают с применением УСН, учитывая специфику столичного налогового законодательства. «Но при этом есть немало примеров, когда достаточно крупные участники региональных рынков делят компанию на более мелкие для обхода в будущем требований измененного налогового законодательства. Это создает предпосылки для недобросовестной конкуренции, так как крупные федеральные сети придерживаются буквы закона, но их условия работы в регионах по сравнению с вышеуказанными игроками ухудшаются», — поясняет собеседник. По его словам, если такая возможность формального обхода законодательства сохранится в 2011 г., наиболее правильными с точки зрения добросовестной конкуренции будут либо отмена ЕНВД для всех участников фармацевтического рынка, либо сохранение статус-кво в налоговом законодательстве." Поэтому, я думаю, что если у Вас организция на ОБЩЕЙ системе и имеет подразделения (аптеки), то они могут оставаиться на вмененнке и после 1 января 2011 года, но обязательно "при условии соблюдения положений гл. 26.3 Кодекса".

Кстати нашел еще одно похожее письмо: "Если организация превышает ограничения, установленные пп. 1 и 2 п. 2.2 ст. 346.26 Кодекса, и применяет общий режим налогообложения, но имеет структурное подразделение, которое признается аптечным учреждением в соответствии с Законом, то такая организация может быть переведена на уплату единого налога на вмененный доход в отношении предпринимательской деятельности в сфере розничной торговли лекарственными средствами, осуществляемой через указанное аптечное учреждение, при условии соблюдения положений гл. 26.3 Кодекса. Директор Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики И.В.ТРУНИН" Письмо Минфина РФ от 05.02.2009 N 03-11-11/13