Пп. 9 п. 1 Статьи 251 предусматривает, что при определении налоговой базы не учитываются доходы в виде имущества (включая денежные средства), поступившего комиссионеру, агенту и (или) иному поверенному в связи с исполнением обязательств по договору комиссии, агентскому договору или другому аналогичному договору, а также в счет возмещения затрат, произведенных комиссионером, агентом и (или) иным поверенным за комитента, принципала и (или) иного доверителя, если такие затраты не подлежат включению в состав расходов комиссионера, агента и (или) иного поверенного в соответствии с условиями заключенных договоров. К указанным доходам не относится комиссионное, агентское или иное аналогичное вознаграждение.

Что касается отражения в бухгалтерском учете указанных расходов - все будет зависеть от того, как именно прописана в договоре с туроператором схема взаимодействия с туристической фирмой по получению с покупателей указанного топливного сбора, а также от того, как в Вашей Учетной политике прописано ведение бухгалтерского учета в организации.

Известно, что с 01.01.2013 организации, применяющие УСНО, должны вести бухгалтерский учет, при этом допустимым (на основании Информации Минфина России N ПЗ-10/2012 "О вступлении в силу с 1 января 2013 г. Федерального закона от 6 декабря 2011 г. N 402-ФЗ "О бухгалтерском учете") является применение для регистрации и накопления информации обо всех фактах хозяйственной жизни только одного регистра бухгалтерского учета - книги (журнала) учета фактов хозяйственной жизни.

Поэтому ответить однозначно на Ваш вопрос затруднительно.

Полагаю, что в случае если в договоре прописано, что Вы являетесь агентом и за счет и от имени туроператора собираете топливный сбор, который не входит в стоимость турпродукта, и при этом ведете бухгалтерский учет в соответствии с общепринятой системой, стоимость топливного сбора должна учитываться Вами на счете 76 и не формировать сумму Ваших доходов.