Объектами налогообложения налогом на добавленную стоимость (НДС) является реализация товаров, работ, услуг; передача товаров, работ, услуг для собственных нужд, расходы на которые не принимаются к вычету при исчислении налога на прибыль; выполнение строительно-монтажных работ для собственных нужд; ввоз товаров на таможенную территорию РФ (ст. 146 НК РФ). Скорее всего, НДС в вашем случае требуется начислить не на зарплату персонала, а на стоимость либо каких-то услуг либо СМР. А в эту стоимость может входить и зарплата.